A Amazônia ocupa 50% do território brasileiro, o Cerrado representa 22% da área total, enquanto a devastada Mata Atlântica responde por apenas 15% do território. A Caatinga, o único bioma 100% no Brasil e circunscrito à Região Nordeste, ocupa 10% do território, seguido pelo Pantanal (2%), no Centro-Oeste, e Pampa (2%), na região Sul.

O bioma predominante em Ribeirão Preto é Mata Atlântica. No entanto apenas 3,4%  do território de 650,92 km² do município é composto por remanescentes florestais da Mata Atlântica. A maior parte da vegetação original fica na Estação Ecológica de Ribeirão Preto que surgiu, em 1957, como Reserva Estadual Florestal, sendo transformada em Estação Ecológica em 1984. Na montante do Ribeirão Preto, a Estação Ecológica tem grande importância para garantir a estabilidade ambiental da região porque protege os corpos d’água, em especial, os da Bacia Hidrográfica do Pardo. É referência para o conhecimento científico de espécies nativas em projetos de recuperação de áreas degradadas. A Área de Preservação Ambiental (APA) do Morro do São Bento, criada em 1988, tem quase dois hectares. Iniciativas do governo municipal tem estimulado o plantio de mudas para melhor arborizar a cidade. 

De acordo com estudo divulgado pela ONG SOS Mata Atlântica, a área de vegetação natural de Ribeirão Preto inclui, além das florestas nativas, os refúgios, várzeas, campos de altitude, mangues, restingas e dunas.